Mâu thuẫn trong liên minh dẫn tới sự lưu vong của Phó Tổng thống Ali Salim Al-Beidh đến Aden đầu tháng 8 năm 1993, các bộ lạc lợi dụng tình hình gia tăng tình trạnh bất ổn. Haidar Abu Bakr al-Attas, cựu Thủ tướng miền Nam tiếp tục làm Thủ tướng chính phủ, nhưng chính phủ hoạt động không hiệu quả do cuộc tranh chấp trong nội bộ. Cuộc họp liên tiếp giữa lãnh đạo miền Bắc và Nam và ký kết văn bản cam kết và đồng ý ở Amman, Jordan ngày 20 tháng 2 năm 1994. Mặc dù vậy các cuộc xung đột vẫn tiếp tục cho tới cuộc nội chiến tháng 5 năm 1994. Đáng chú ý, lực lượng vũ trang của 2 miền vẫn chưa được thống nhất với nhau.

Các nhà lãnh đạo miền Nam ly khai và thành lập Cộng hòa Dân chủ Yemen (DRY) vào ngày 21 tháng 5 năm 1994, nhưng nhà nước mới được thành lập không được sự ủng hộ của quốc tế. Ali Muhammad Nasir, và những người lưu vong ủng hộ quân sự chống lại phe ly khai.

Aden bị chiếm ngày 7 tháng 7 năm 1994, phe ly khai sụp đổ, hàng nghìn lãnh đạo và quân đội ly khai phải sống lưu vong.

Trong hệ quả của cuộc chiến, Đảng Xã hội Yemen bầu lại Bộ Chính trị vào tháng 7 năm 1994. Tuy nhiên ảnh hưởng của đảng vẫn không chiếm được ưu thế như trước kia. Islaah cũng tổ chức đại hội Đảng tháng 9 năm 1994. Đại hội Nhân dân chung vào tháng 6 năm 1995.

Năm 1994, Hiến pháp thống nhất sửa đổi, loại bỏ Hội đồng Chủ tịch. Tổng thống Ali Abdallah Saleh được Quốc hội bầu lại ngày 1 tháng 10 năm 1994 với nhiệm kỳ 5 năm. Hiến pháp mới cũng quy định Tổng thống được bầu theo phổ thông đầu phiếu từ ít nhất 2 ứng viên và được lựa chọn bởi cơ quan lập pháp.